Due anni a percorrere le strade nei panni di Batman e a instillare la paura nei criminali hanno condotto Bruce Wayne nel cuore delle tenebre di Gotham City. Con solo pochi alleati fidati - Alfred Pennyworth, il tenente James Gordon - all'interno della rete corrotta di funzionari e personalità della città, il giustiziere solitario si è imposto come l'unica incarnazione della vendetta tra i suoi concittadini. Quando un assassino colpisce l'élite di Gotham attraverso una serie di machiaveggi sadici, una scia di indizi criptici invia il più grande detective del mondo in un'indagine nel mondo della malavita, dove incontra personaggi come Selina Kyle, alias Catwoman, Oswald Cobblepot, alias il Pinguino, Carmine Falcone ed Edward Nashton, alias l'Uomo Enigma. Mentre le prove si accumulano e l'entità dei piani del colpevole diventa chiara, Batman deve stringere nuove relazioni, smascherare il colpevole e ristabilire un semblance di giustizia in mezzo agli abusi di potere e alla corruzione che imperversano a Gotham City da tempo.
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