Quando Thomas riprende conoscenza, si ritrova intrappolato con un gruppo di altri ragazzi in un labirinto gigante la cui pianta cambia ogni notte. Non ha più alcun ricordo del mondo esterno, a parte strani sogni riguardanti una misteriosa organizzazione chiamata W.C.K.D. Collegando alcuni frammenti del suo passato con gli indizi che scopre all'interno del labirinto, Thomas spera di trovare un modo per fuggire.
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